В соответствии с пунктом 4 постановления Правительства Российской Федерации от 16 июня 2004 года № 282 "Об утверждении положения о Федеральном агентстве водных ресурсов" Федеральное агентство водных ресурсов осуществляет свою деятельность непосредственно или через свои территориальные органы (в том числе бассейновые) и через подведомственные организации во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.

Федеральные государственные бюджетные учреждения, подведомственные Росводресурсам выполняют возложенные на них задачи и функции в соответствии с утвержденными Уставами, с которыми можно ознакомиться на официальном сайте для размещения информации о государственных (муниципальных) учреждениях.