В связи с ликвидацией в 1989 году Минводхоза РСФСР водная служба частично входит в состав вновь созданного Комитета РСФСР по охране природы.

В 1990 году постановлением Совета Министров РСФСР образован Комитет по водному хозяйству при Совете Министров РСФСР, который в 1991 году вошёл в состав вновь образованного Министерства экологии и природных ресурсов РСФСР.

В 1992 году на базе реорганизованного Министерства экологии и природных ресурсов РСФСР образовано Министерство охраны окружающей среды и природных ресурсов Российской Федерации.

В 1993 году постановлением Правительства Российской Федерации вновь образован Комитет по водному хозяйству при Совете Министров – Правительстве Российской Федерации, который в 1994 году преобразован в Комитет Российской Федерации по водному хозяйству.

В 1995 году вступает в силу Водный кодекс Российской Федерации.

В 1996 году в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 01 августа 1996 г. № 1247-р Комитет Российской Федерации по водному хозяйству упраздняется и входит в состав Министерства природных ресурсов Российской Федерации как Государственная водная служба.

В 2004 году Указом Президента Российской Федерации создано Федеральное агентство водных ресурсов.

В 2007 году вступает в силу новый Водный кодекс Российской Федерации, который концептуально изменил водное законодательство Российской Федерации, придав импульс для дальнейшего совершенствования и развития водного хозяйства страны.

К новеллам нового Водного кодекса следует отнести:
– закрепление основных принципов водного законодательства;
– внедрение бассейнового подхода в управление водными объектами;
– создание бассейновых советов в рамках развития принципов участия граждан, общественных объединений в решении вопросов, касающихся регулирования водных отношений в границах бассейновых округов;
– введение институтов договора водопользования и решения о предоставлении водного объекта в пользование взамен лицензии на водопользование;
– передачу части федеральных полномочий в области водных отношений субъектам Российской Федерации;
– закрепление положений о возможности нахождения прудов и обводненных карьеров в собственности органов государственной власти субъектов, органов местного самоуправления, физических и юридических лиц.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 августа 2009 г. № 1235-р в целях совершенствования системы управления в сфере использования и охраны водных объектов и модернизации водохозяйственного комплекса Российской Федерации утверждена Водная Стратегия Российской Федерации на период до 2020 года и план мероприятий по ее реализации.

Реализация предусмотренных Планом мероприятий позволит добиться снижения водоемкости российской экономики, гарантировать питьевое и хозяйственно-бытовое водоснабжение населения страны и создать надежные условия развития промышленности, энергетики, водного транспорта и сельского хозяйства за счет эффективного использования водоресурсного потенциала Российской Федерации.

Одним из основных механизмов реализации Плана мероприятий является Федеральная целевая программа «Развитие водохозяйственного комплекса Российской Федерации в 2012 – 2020 годах», концепция которой утверждена распоряжением Правительства Российской Федерации от 28 июля 2011 г. № 1316-р.